První zmínky o Modřanech a o modřanském kostele sahají hluboko do minulosti. Jeho historie nebyla, jak se můžete dočíst i v tomto článku, chvílemi vůbec jednoduchá.
Kdy byl kostel založen, nevíme, ovšem první historická zmínka o Modřanech je spojena s kapitulou Vyšehradskou, které v roce 1178 Soběslav II. daroval v Modřanech 2 popluží s vinicí. Můžeme se domnívat, že Vyšehradská kapitula brzy po získání majetku ve vsi Modřany zde založila i kostel.
První doložená zmínka o zdejším kostele, ovšem nepřímá, je z roku 1329, kdy na listině vydané scholastiky Pražské kapituly, je podepsán jako svědek Vojtěch, plebán v Modřanech.
Roku 1380 byla v modřanském kostele konána vizitace arcijáhna říčanského. Při ní bylo shledáno, že kostel má: „jednu albu se štolou a humerálem, jeden misál starý špatně vázaný, jeden kalich stříbrný s nodem pozlaceným, v hořejší části puklý, matutinál starý, žaltář starý, dvě pally a jednu pokrývku“.
Přímé potvrzení existence kostela v Modřanech nalézáme v seznamu farních kostelů náležejících k říčanskému arciděkanství z roku 1384, jsou zde uvedeny i Modřany.
V roce 1420, kdy husité táhli na zbraslavský klášter, vyplenili i ves Modřany, kde měla svůj majetek Vyšehradská kapitula a sakristián Pražského kostela a při té příležitosti vypálili i kostel. Kněžský majetek přešel na Staroměstské.
Další zmínku o modřanské faře máme až z roku 1525, kdy měl Vácha z Modřan spor o manželství u utrakvistické konzistoře.
Po Bílé hoře byl Pražským veškerý majetek zabaven. V této době byl zpustošený kostel částečně opraven, zůstal však bez faráře.
V roce 1622 opat zbraslavského kláštera Urat koupil bývalý majetek Pražanů v Modřanech a tím přešlo na zbraslavský klášter „podací kostelní“. Tehdy také samostatná Modřanská fara zanikla.
Kostel byl opraven aby v něm bylo možno konat bohoslužby, ale již v roce 1631 Sasové vyplenili zbraslavský klášter i vsi, které byly v jeho majetku. V roce 1639 Švédové pod vedením generála Baera se rozložili po pravém i po levém břehu Vltavy a v modřanském kostele zřídili skladiště zbraní a střeliva a jiných válečných potřeb.
Po Vestfálském míru roku 1648 zbraslavští cisterciáci kostel opravili do nynější podoby tím, že na východ a na západ byl prodloužen prolomením čelních zdí, zbaven původního vítězného oblouku i klenby nad kněžským kůrem a byl opatřen rovným stropem. Z původní stavby zůstaly jen jižní a severní boční stěny.
Pro modřanský kostel je památný rok 1754, kdy byl od základu nově zřízen, stalo se tak za opata zbraslavského kláštera Adama Aysla. Zvonice, která byla v rozvalinách, byla znovu postavena. Byl do ní zavěšen zvon z roku 1726 a pořízen další, velký.
Bohoslužby v modřanském kostele obstarávali zbraslavští cisterciáci. Nebyla zde ani fara, ani nebyl ustanoven farář. Posledním z nich byl po zrušení kláštera na Zbraslavi Josefem II Štěpán Hlaváček, rodem z Prahy. Bydlel v Komořanech, dokud pro něj nebyla opravena fara. To se stalo asi v roce 1791. Fara byla umístěna v místech, kde je nyní farská stodola a byla v ní i škola, kde bydlel i učitel Petr Bayer.
Rok 1802 byl pro obec rokem nešt’astným. Zuřil tu 22.dubna zhoubný požár, kterému padla za oběť velká část obce a m.j. vyhořela i fara a škola. Farář P. Štěpán Hlaváček se vrátil do Komořan a teprve jeho nástupce sekularizovaný kněz kláštera Plasského P. Tadeáš Beran se přestěhoval roku 1809 z Komořan do nově postavené farní budovy.
13.září 1855 byla dekretem Ministerstva kultu a vyučování Modřanská lokalie opět povýšena na faru. O vnitřní výzdobu kostela se velmi zasloužil farář P. Karel Bötcher, který přišel na zdejší faru v roce 1869.
V opravách kostela se pokračovalo v roce 1881, kdy byly v chrámové lodi pořízeny 2 postranní oltáříky.
V rámci těchto úprav byla opravena kazatelna, pořízeno zábradlí před hlavním oltářem a u vchodu do chrámové lodi byly postaveny 3 zděné oblouky, na kterých spočíval rozšířený chór. Za první republiky byly tyto masivní zděné oblouky odstraněny a podlaha chóru byla zavěšena do postranních chrámových zdí.
Z dalších sbírek byl v roce 1882 pořízen zvon, kostel byl vybílen a byl k němu upraven příchod. V roce 1883 byl před kostelem postaven kamenný kříž. Stával zde velký dřevěný kříž s obrazem Spasitele namalovaným na plechu, který zde v roce 1818 postavila modřanská obec. V roce 1876 byl již vetchý kříž poražen vichřicí a v roce 1883 byl z výnosu sbírky na opravu kostela postaven zde kamenný kříž, který zde stojí dodnes.
Varhany byly postaveny v roce 1690, za nové byly vyměněny v roce 1893. Postavil je varhanář Josef Vanický z Třebechovic u Hradce Králové.
Na návrší na jih od kostela stojí zděná zvonice z roku 1754, na které bývaly 2 zvony. Za 1. světové války byly oba zvony zabaveny pro vojenské účely a odvezeny 24. dubna 1917: zvon Jan Nepomucký a Václav, byl z roku 1754, měl rozměry 93/75 cm a 6 cm tloušt’ky, vážil 407 kg a 18. prosince 1917 Marie, jeho rozměry byly 78/70 cm, tloušt’ka 5 cm, vážil 328 kg. Po 1. světové válce byly zvony nahraženy, ale jejich osud se opakoval 13.dubna 1942, kdy byly za okupace pro potřeby německé armády ze zvonice sňaty a odvezeny 2 zvony .
V letech 1947 až 1949 byla v kostele postavena nová hudební kruchta s novými varhanami. Schodiště na ni (při severní straně kostela) pochází z doby 2.světové války.